Batavia Air được thành lập và bắt đầu hoạt động từ tháng 1 năm 2002. Chuyến bay đầu tiên của hãng là chuyến bay quốc nội giữa Jakarta và Pontianak bằng máy bay Fokker F27 thuê cả phi hành đoàn của hãng Sempati.

Tháng 3 năm 2007 Bộ Vận tải Indonesia - do sức ép chính trị về an toàn hàng không - đã cảnh báo là có thể đóng cửa 7 hãng hàng không của Indonesia, trừ phi các hãng này cải thiện vấn đế an toàn trong vòng 3 tháng. Bộ cũng đã phân loại các hãng hàng không của Indonesia thành 3 nhóm (về an toàn) và Batavia Air nằm trong nhóm thứ ba.[1]

Tuy nhiên từ cuối tháng 6/2007, mọi hãng hàng không của Indonesia đều bị đưa vào Danh sách các hãng hàng không bị cấm ở Liên minh châu Âu.